Wszystko zaczęło się pod koniec XIX w., kiedy Andrzej hrabia Potocki rozpoczął budowę rafinerii w Trzebini. To na bazie jej infrastruktury niespełna 100 lat później powstała Fabryka Parafin Naftowax. W 1896 r. moce przerobowe istniejącego od roku zakładu szacowano już na 5 tys. ton ropy naftowej, a produkcja parafin szybko stała się jedną z najważniejszych dziedzin jego działalności.
    W latach od 1903 do 1918 r. rafineria w Trzebini przechodziła złoty okres swojej historii – za sprawą dynamicznego rozwoju uznawana była za największą i najnowocześniejszą rafinerię w północnej części Cesarstwa Austro-Węgierskiego. Roczne zapotrzebowanie zakładu na ropę naftową wzrosło wówczas do poziomu 95 tys. ton.
    Do 1939 r. rafineria umacniała na rynku pozycję nowoczesnej i rzetelnej firmy. Zatrudniała ok. 350 pracowników i produkowała parafiny, benzynę apteczną i motorową, olej napędowy, oleje samochodowe i maszynowe oraz asfalt. Wszystko zmieniło się jednak w 1944 r., gdy aliancki nalot bombowy spowodował katastrofalny, trwający dwa tygodnie pożar, który spustoszył rafinerię. Przez kolejne lata trwały prace nad jej odbudową. Ok. 1947 r. wznowiono przerób ropy na skalę przemysłową.
    Nadchodzące dziesięciolecia upływały pod znakiem intensywnej reorganizacji firmy. Z roku na rok zwiększano moce produkcyjne i wprowadzano nowe rozwiązania technologiczne. W tym czasie uruchomione zostały m.in. komory potne tacowe, prasy komorowe ciepłe, sprężarki amoniakalne, prasy do odlewania parafiny, a także park zbiorników. Na lata 1974–1978 przypadła kolejna fala działań modernizacyjnych, mających tym razem na celu stopniowe unowocześnienie parafiniarni. Powstały wtedy m.in. nowe komory potne, a nieco później, w 1984 r., wybudowano wieżę do granulacji parafiny.
    Niedługo po zmianach ustrojowych, w 1995 r. rafineria w Trzebini sprzedawała już 4,5 tys. ton wyrobów parafinowych. Rok później powstała samodzielna Grupa Produkcyjno-Handlowa Parafiny. Symboliczny przełom w historii firmy wyznacza data 1 września 1999 r., kiedy to doszło do wyodrębnienia z Rafinerii Trzebinia SA spółki Fabryka Parafin Naftowax. Już w 2001 r. sprzedaż wyrobów parafinowych osiągnęła poziom 29 tys. ton rocznie, co oznaczało sześciokrotny wzrost na przestrzeni sześciu lat. 
    W 2005 r. firma rozpoczęła produkcję parafin hydrorafinowanych, na bazie których powstają wyroby spełniające najwyższe wymagania jakościowe prestiżowej normy RAL GZ 041. Według szacunków planowana sprzedaż produktów  Fabryki Parafin Naftowax wyniesie w 2012 r. ponad 50 tys. ton.

    Drugiego czerwca 2011 r. w Krakowie odbyła się oficjalna prezentacja nowego logotypu marki Crystal. Pod nazwą Crystal kryją się krystalicznie czyste parafiny produkowane przez Fabrykę Parafin Naftowax.